Un documento interno del Fondo Indígena, fechado el 23 de noviembre de 2009, pone en evidencia que Luis Arce, en su rol de ministro de Economía en ese entonces, reconoció que la Ley Financial no autorizaba transferencias de fondos públicos a cuentas privadas, tal como lo demandaban ciertas organizaciones vinculadas al MAS. Esta acta, confirmada por el ex fiscal anticorrupción Ánghelo Saravia, representa un nuevo elemento en la investigación que actualmente mantiene detenido al expresidente por el caso relacionado con el Fondo Indígena.
Durante una reunión del directorio del Fondo, realizada en Tarija poco después de iniciar sus operaciones, se plantearon dudas sobre la legalidad de depositar recursos estatales en cuentas de representantes sociales. Ramiro Burgos, funcionario presente, consultó específicamente si existía respaldo legal para efectuar transferencias público-privadas. Sandra Paredes, miembro del Fondo en ese momento, respondió que dicha figura no estaba permitida en 2009 y que el reglamento correspondiente aún se encontraba en desarrollo. Además, indicó que la Ley Financial no contemplaba mecanismos para enviar dinero público a cuentas particulares.
En ese contexto, Arce intervino reconociendo la limitación legal vigente: admitió que la Ley Financial no contemplaba esas transferencias. Sin embargo, propuso continuar con la elaboración de proyectos mientras se esperaba la aprobación de una nueva Ley Financiera para 2010, la cual, según su planteamiento, permitiría realizar dichas transferencias.
El exfiscal Ánghelo Saravia ratificó la autenticidad del acta y explicó que este documento fue parte de las pruebas recopiladas durante la fase inicial de la investigación. Asimismo, señaló que en esa misma reunión se aprobó la adquisición de bienes, a pesar de que el Fondo Indígena estaba destinado exclusivamente a financiar proyectos productivos o agrícolas para comunidades campesinas, y no la compra de casas, vehículos u otros bienes para dirigentes de organizaciones sociales.
Saravia recordó que, tras avanzar en la indagación, fue procesado y encarcelado en 2016, hecho que atribuye a su intento de ampliar la investigación contra Arce y otros miembros del directorio. Según su relato, el fiscal departamental y el fiscal general se opusieron a que se los procesara, lo que derivó en su persecución y detención.
En el marco de la misma causa, el fiscal Miguel Ángel Cardozo ordenó la aprehensión de Arce, quien fue trasladado a dependencias de la Felcc en La Paz. El exmandatario optó por guardar silencio ante la Fiscalía, a pesar de que se le presentaron indicios que lo vinculan con la presunta autorización de transferencias irregulares a cuentas privadas de dirigentes sociales. La Fiscalía lo investiga por incumplimiento de deberes y conducta antieconómica, delitos que habrían generado un perjuicio económico estimado en 925 millones de bolivianos.
Desde el punto de vista normativo, el economista Germán Molina explicó que este tipo de operaciones debían estar reguladas por una ley específica, diferente a la Ley Presupuestaria, que tiene vigencia anual. Destacó que los proyectos del Fondo Indígena eran de ejecución plurianual, lo que dificultaba su amparo bajo la Ley Financial vigente en ese momento. Aunque su análisis se centró en aspectos económicos y evitó emitir juicios jurídicos, Molina señaló que los hechos sugieren la ausencia de respaldo normativo para transferir fondos públicos a cuentas particulares vinculadas a organizaciones sociales
